Цитата(Shivers @ May 13 2018, 21:43)

Так а в чем проблема? Файл D:/example_1v/project_1/project_1.srcs действительно уже есть на диске, и попытка его перезаписи приводит к ошибке? Ну так удаляйте его каждый раз прямо в теле скрипта
rm -f D:/example_1v/project_1/project_1.srcs
Хотелось бы:
1. Получить из репозитория в локальную папку example_1v файлы : project_1/project_1.src/... и write_prj.tcl.
2. Запустить write_prj.tcl и получить готовый проект в каталоге project_1 со всеми остальными папками .src, .sim и т.д., и подхваченными исходниками без лишних манипуляций с файлами исходниками.
По первому пункту вопросов нет, по второму - требуются дополнительные манипуляции с файлами исходниками в tcl файле и локальной папке example_1v.