Проделал то же самое, только добавил к шейпу еще и окружность, все идеально сходится:
Не знаю, как у Вас так получается...
Точно знаю интересный эффект "усечения" шейпов меди при их автосоздании, но к скринам это не относится: если создавать шейп(обычно GND) на всю плату начиная его за границами платы(точнее контура route keepin), то такой шейп будет создан чуть меньшим, чем route keepin, по которому он должен быть обрезан. Т.е. в этом случае программа "подрезает" границу меди, чтобы сделать доп. зазор до route keepin.