весь PCIe хотплаг по идеологии представляет из себя
1) в железе - кнопку "хочу вынуть эту плату", цепи, обеспечивающие детектирования физического наличия в слоте, ключи на материнке, осуществляющие подачу питания на плату. вся эта радость по идеологии заведена на GPIO южного моста/чип компаньона
2) в BIOS реализованы соответствующие алгоритмы, рулящие процессом через GPIO, и отдающие соответствующие события в ACPI-таблицы.
3) операционка определяет хотплаг-события по наличию изменений в ACPI-таблицах, и предпринимает соответствующие действия по энумерации устройств, назначению BAR и подсовыванию драйвера. Плюс обратный процесс отрубания без вываливания в BSOD/Kernel panic.
http://www.ti.com/lit/ds/symlink/tps2363.pdfвот вам пример типового hotplug-контроллера, который на материнке вешается на SMbus.
провоцируем неудовлетворенных провокаторов с удовольствием.