Да они отличаются тем, что в одном случае матожидание вычитается, в другом - нет. В случае нулевого среднего они равны. А обычно обрабатывается сигнал с нулевым средним, так что все равно, корреляция или ковариация. А путаница заключается в том, что ковариационные ф-ции считаются с вычитанием матожидания, однако не раз встречал в литературе их же, но обозванных корреляционными.
А библиотека

это матлаб. Есть они там все.