Ну с такой частотой не пробовал, но теоретически попробовать можно.
Надо задествовать таймер. Предделитель выставить на CLK. Включить режим CTC. В регистр OCR занести 1. Связать режим CTC с соответсвтующей ногой (типа OC1a). Ну и установить "по сравнению ногу инвертировать".
По идее должно работать.