А вы не шунтируйте DC-DC в цифровую землю.
Вы с обоих входов поставьте конденсаторы (2,2нФ 3-5кВ) на заземление (но не на цифровую землю). Между входами такую же ёмкость.
Цифровую землю и заземление можно соединить, но только в одной точке, которую надо тоже выбрать с умом.
Эскизы прикрепленных изображений
Почему разработчики систем повышенной надёжности плохо справляются с простыми проектами? :)