Лучше конечно немного оптимизировать алгоритм и тогда и 100 000 перезаписей не будет беспокоить.
Для промежуточного хранения использовать ОЗУ, регистры. Если нужно циклически сохранять какие-то важные данные, то можно поставить два супервизора, а посередине конденсатор - при отключении питания будет время сохраниться.

Ну и сторожевой таймер для надежности.