2_singlskv
Кусочек С кода приведите который приводитк к такой генерации, я посмотрю че происходит, очень интересно.
2_SysRq

я сам решаю эту проблему так
указанием путя с помощю опции -I для gcc
или прописыванием PATH=$(PATH);aaa/bbb/cccc/rootdir/local/avr/include
тогда начинает работать.
А вы относительный путь сохранили от local/bin/avr-gcc до local/avr/include?
Я как раз и работаю над тем чтоб небыло таких проблем при установке пакета в любое место.