У Альтеры есть документ:
"altclkctrl Megafunction User Guide" (ug_altclock_mf.pdf) - полезной информации там побольше, чем в HELPе Квартуса и в Циклоновской доке.
В частности:
Цитата
General Restrictions
...If the clkselect[] ports are set to anything other than 0, only pins or PLL clock outputs may feed the inclk[] ports. In addition, pins must feed only inclk[0] or inclk[1], while PLL clock outputs must feed only inclk[2] or inclk[3]...