Kovrov ,респект,дали правильное направление в поиске трабла.

Сделал по прерыванию от АЦП ,так как уже были наброски.
Вот что выяснилось ,при переключении (вне зависимости дергаем ADEN или нет) ,АЦП делает 1 холостой ход ,при этом генерируя прерывание.
А при включеном бите ADATE нужно пропустить 2 цикла конверсии,и после этого уже считывать результат.
Я знал что на переинациализацию нужно дополнительное время ,но не думал что будут генерироваться прерывания.
В принципе проблема решена ,всем спасибо за советы.