Цитата
Более того, начало искать не обязательно - Spartan2, например, сам выкидывает лишнее и корректно загружается, если ему скармливать весь файл целиком.
Вот проблема в этом и была, что загружал не полностью. Теперь буду знать.

Цитата
Специально поискал файлы *.bin в папках проектов - не нашёл.

Пректы правда из под Xilinx Foundation 4.1, но тем не менее...
Генерация .bin файлов по умолчанию отключена. Включается в свойствах Generate Programming Files-General Options - Create Binary Configuration File