В сети достаточно много материалов, посвященных вычислению БПФ.
Многие содержат исходники, например
http://www.fftw.org. Здесь есть реализации
БПФ для Intel-совместимых процессоров с задействованием всей мощи
специализированных команд. Если Вам нужны исходники для сигнальных
процессоров, то прямой путь - на сайты производителей, поскольку у них
обычно приводятся эталонные программы. Хочу заметить, что выжать максимум
из железа Вы сможете только при использовании ассемблера, так что
программы на языках высокого уровня - чисто иллюстрация того или иниго алгоритма.