1. Общий проект бутлоадера и приложения.
В командном файле линкера определите сегмент и задайте его расположение в верхней части flash (опция -Z).
Расположите в этом сегменте Ваши функции (См. Function placement into named segments в EWAVR_CompilerReference.pdf).
2. Раздельные проекты бутлоадера и приложения.
В проекте бутлоадера выделите сегмент для таблицы команд безусловного перехода на Ваши функции.
В проекте приложения осуществляйте вызов этих функций через таблицу переходов, заданную явными адресами.
PS Сергей Борщ оказался проворнее
PPS Если бы arttab был бы стазу столь понятен как в его третьем посте - не пришлось бы так долго ждать.