Всем большое спасибо за помощь!
Менять TCNT программно это действительно не выход...
Это помогает... но появляются небольшие на 1-2 цикла шима задержки..... зато часто, что дает еще более худший эффект, чем длинные но редко

.
Решением было менять OCR1C и OCR1A в прерывании, запуская прерывание после вычисления значения, и запрещая их по выходу из прерывания.
Хотя я так и раньше пробовал... но почему-то не получилоось

, наверное я не запрещал прерывания...
Работает и так как предложил уважаемый
=AVR=, т.е. меняя в прерывании сначала OCR1A, затем OCR1C и запрещая прерывания, хотя отличий не видно, т.к. частота небольшая.