На каждый pin свой гейт это конечно круто
Элемент можно разделить скажем на Базу(питание, и конфигурацию) и Банки (i/o,Vref)...+Возможно какието ещё чати(RocketIO)
Номера пинов после свопинга будут меняться в соответствии с изменениями на плате после back annotate в любом случае.
Но можно обозвать однотипные Pin-ы одинаково и в этом случае это не сильно отрозится на понимании схемы.
А что-бы пакет не ругался "Pin Name" сделать невидимым, а имена выводов на элементе отобразить(сделать) скажем похожим свойство "PinID"