Это Вы в миллиметрах задаете? Хм, обычно как-то в милсах это делается, хотя дело, скорее всего, не в этом... Сделайте вот что: там есть в панели PCB опция Rules (еще есть Nets, Components), включите ее. Потом прогоните DRC (Tools->Design Rule Check). После этого в этой панели увидите список нарушений. По нему можно ходить, переходить к месту нарушения, вызывать инфу про нарушение. Посмотрите, что он там пишет. Обычно на нарушения клиренса пишет, что, дескать, правило, типа, такое, а реально вон оно сколько... Может после этого прояснится ситуация.
В общем, никогда с этими правилами не испытывал пробем (еще со времен 99-го Протела), и порой они бывали весьма сложными.
«Отыщи всему начало, и ты многое поймёшь» К. Прутков