Цитата(Legotron @ May 15 2007, 07:15)

LVDS-сигнал должен был выходить с пинов LVDS97n, LVDS97p,
а после разводки получилось LVDS97n, LVDS96p.
Очень просто, дело в том, что в циклоне выходы LVDS имеют "неправильный" уровень и должны корректироваться резисторами, это в соотв. аппнотах написано, надеюсь они у вас есть, иначе вообще LVDS работать не будет.
В вашем случае, я бы просто назначил на рабочие выходы (LVDS97n, LVDS96p при LVDS) тип LVCMOS, а в самом проекте, рабочий сигнал подал на тот вывод, который в LVDS был прямым, а на второй диф. вывод подал бы инверсию, и всё. Это абсолютно эквивалентно и никак не повлияет ни на что.
Другое дело, если бы вы ошиблись в разводке диф. входа LVDS приёмника, тут бы уже ничего нельзя было исправить.