Удалось выяснить следующее:
1. Порядок расположения модулей, представленный в окне I/O View, заключён в файле \Atmel\AVR Tools\Partdescriptionfiles\ATmega640.xml.
2. Добиться иного расположения модулей удалось перемещением соответствующего раздела в нужное место редактированием файла (сняв перед этим атрибут Read Only).
Согласен, сложно, но другого способа пока не знаю.
Судя по всему, сортировка кликом на заголовке столбца пока не реализована.