По данной проблеме был написан багрепорт в Altium support. Вот вкратце ответ:
I can reproduce the behavior that the part of the trace will be deleted.
Obviously the Tracks Optimizer doesn't work as expected. Between the 2 pads should one single track be created, optimizing the 3 colinear track segments.
I'll report this to the developers.
Очень благодарили за найденный глюк. Передаю благодарность автору.

Есть мнение думать, что успеют исправить до генерального закрытия пикада.