У нас при работе с версией 4.30 проблемы с 4.40 поменьше.
Кроме того при останове отладчиком в прерывании - не всегда корректно перезапускался.
Полечилось очисткой стека прерываний при старте программы:
Код
for (j=0; j<8; j++) AT91C_BASE_AIC->AIC_EOICR = 0;