Глюк нашел в этой версии.

Если в меню
Setup/Interface Setup… установить, например, галку
Invert Reset (бывает надо), то все нормально работает. Но если выйти из PonyProg и зайти снова, проверить эту менюшку, то галка окажется сброшенной!
То есть, короче говоря, PonyProg перестал сохранять эти установки при выходе.
Раньше, вроде, такого не было.

Вышел из положения, исправив ручками в файле
PONYPROG2000.INI ResetPolarity=TRUE на ResetPolarity=INV, тогда помнит.
Но стоит хотя бы раз слазить снова в эту менюшку с установками, все снова сбрасывается.