Вообще это достаточно сложный вопрос...
Напимер мы (ФГУП "РНИИ Космического приборостроения") в основном используем для борта ПЛИС от двух производителей: Xilinx и Actel.
Достоинства Xilinx - внешня загрузка, а следовательно удобства в отладке на реальном кристалле, а так же относительно низкая цена...
Достоинства Actel - высокая радиационная стойкость, обеспеченная однократностью программирования, а так же, как следствие, более высокая надежность...
Недостатки Xilinx - хранение конфигурации в динамической памяти и плохой схемный редактор в их САПРе, хотя можно пользоваться сторонним, например AHDL.
Недостатки бортовых Actel - высокая цена бортовой ПЛИС (~5000$), однократная программируемость ПЛИС, а как следствие если после отладки нашлись ошибки - 5000$ на помойку!!! (Хотя конечно можно посавить их ПЛИС другого типа с загрузкой конфигураци во ФЛЭШ, но они имеют другие корпуса, а следовательно нужно специальные переходники от одних корпусов к другим...).
А решать конечно решать ВАМ!