Цитата
Никогда не видел, чтобы была ругань на стеки при прошивке
Запросто! ИАР перед запуском сеанса отладки по JTAG сначала "собирает" проект, а затем программирует кристалл (если ему это разрешено). Ну и далее начинается отладка. Вы попробуйте в исходнике убрать где-нибудь, например, кавычки и запустить из под ИАРа JTAG.
По теме. Если проект старый и рабочий, то можно попробовать прошить старый HEX JTAGом из под Студии.