Да, кому интересно. Работает.
вот кусочек:
AT91F_PIO_CfgPeriph(
AT91C_BASE_PIOA,
0, AT91C_PA31_PCK2); //нога любая с PCK на портах А или Б.
AT91C_BASE_PMC->PMC_SCER=AT91C_PMC_PCK2; //включаем выбранную ногу(см. константы)
AT91C_BASE_PMC->PMC_PCKR[2]=AT91C_PMC_CSS_PLL_CLK|AT91C_PMC_PRES_CLK_8; //1 - выбираем источник, 2 - делитель источника.
и на счет ограничений на ноги. вывел 96 мгц...