Пользую Linux на нескольких контроллерах TeCon МФК и МФК3000. Проблем никаких. Правда, сами контроллеры x86-совместимые (PC104). Работает весь стандартный Linux-овый софт. Из специфики по-моему только пара драйверов для собственного железа.
Имхо, очень хороший варинат, особенно когда приходится выбирать - Linux или DOS. Все же под юникс-системой гораздо удобнее работать (я разработчик ПО).
В общем у меня впечатления только положительные.
P.S. Последние 5 лет работаю в основном под Linux-ом, потому для меня проблемы освоения не существует