ИМХО, всё же есть некий ресурс, управляющий выходом clock PLL, параллельно с PLL. Или, как пишет BUILDER, не определено начальное состояние. Это, кстати, совпадает с моей ситуацией, когда был установлен флаг ИСПОЛЬЗОВАТЬ ГЛОБАЛЬНЫЙ СБРОС КАК ПОРТ (не использовать как сброс), соответственно, начальное состояние не было определено и у меня все выходы были в x

.
Кронкретнее мне подсказать трудно - "гранаты не той системы".