Особых проблем по-моему нет. По крайней мере с CPLD XC9500, XC9500XL. Они были разработаны с учетом как раз такого случая - ISP. С CoolRunner не работал, не знаю. Документы для формирования протокола ISP для CPLD XC95xx были на сайте Xilinx. Искать сейчас что-то влом, поищите сами