Разработка проектов для больших кристаллов, Посоветуйте как правильно Опции

[PPA]

Разрабатываю кусок проекта в QuartusII 5.1 для StratixII EP2S130.
В проекте реализованы интерфейсы с периферийными микросхемами.
Ранее я разрабатывал проекты только для маленьких ПЛИСов, типа циклона. Выглядело это примерно так:
-рисовалась схема из примитивов и параметризируемых модулей
-компиляция, симуляция
-исправления
-компиляция, симуляция
-назначение ножек
-финальная компиляция, симуляция и создание прошивок.
Здесь я делал всё также - отладил кусок проекта на нужном кристалле (задавал временные требования), но когда назначил пины в соответствии со схемой Э3 (схема выпускалась параллельно, и пины назначались по принципу - как удобно конструктору), моя схема перестала работать. Поехали все задержки. Кое-как заставил работать схему, но при добавлении новых элементов схема ведет себя неадекватно. Всё зависит от фиттера - как он разместит блоки внутри кристалла одному квартусу известно. Пытаюсь лоджик локом группировать куски схемы, которые должны работать быстро и судя по симуляции не успевают это делать - всё равно эффекта нет.
Итак - если кто сталкивался с такой проблемой - помогите советом. Как разрабатывать проекты в больших кристаллах, чтобы они не переставали работать после добавления пары регистров и перекомпиляции?

[PPA]

Итак по порядку:
У Вас синхронный проект? - ДА

В настройках фиттеру необходимую частоту клока задавали? - Основные тактовые частоты я прописал, но фиттеру надо прописывать все сигналы, которые заводятся на вход CLK регистров или счётчиков - их я не прописывал. они как правило формируются логикой (какой-нибудь сигнал записи в регистр) - как я понял для таких сигналов нужно указать максимально возможную частоту. Нужно ли это делать? Их больше сотни (судя по месседжеру) и это делать лениво

После компиляции результаты Timing Analyzer смотрели? - смотрел, я плохо эти результаты воспринимаю, так как не знаю, какие должны быть задержки.

Входные и выходные сигналы подаются через FastInputReg и FastOutputReg? - на пины я навешивал альт инбуф и альт аутбуф - далее регистр - насколько я понимаю фиттер в таком случае их автоматом ставит как фаст инпут-аутпут регистр.

Logic Lock по-моему существенно увеличивает время компиляции. Мой проект сейчас компилируется порядка 8 минут (иногда после каких-нибудь изменений бывает 15 минут).
Есть такая штука - инкрементальная компиляция - компиляция проекта по частям. Компилируются только имзмененные куски схемы. Я сделал в проекте несколько разделов, после чего компиллер начал ругаться на то, что у меня шина называется одинаково в 4 местах - но это одна и та же шина!!! и раньше он компилировал эту схему без ошибок.