Разработка проектов для больших кристаллов, Посоветуйте как правильно Опции

[PPA]

Разрабатываю кусок проекта в QuartusII 5.1 для StratixII EP2S130.
В проекте реализованы интерфейсы с периферийными микросхемами.
Ранее я разрабатывал проекты только для маленьких ПЛИСов, типа циклона. Выглядело это примерно так:
-рисовалась схема из примитивов и параметризируемых модулей
-компиляция, симуляция
-исправления
-компиляция, симуляция
-назначение ножек
-финальная компиляция, симуляция и создание прошивок.
Здесь я делал всё также - отладил кусок проекта на нужном кристалле (задавал временные требования), но когда назначил пины в соответствии со схемой Э3 (схема выпускалась параллельно, и пины назначались по принципу - как удобно конструктору), моя схема перестала работать. Поехали все задержки. Кое-как заставил работать схему, но при добавлении новых элементов схема ведет себя неадекватно. Всё зависит от фиттера - как он разместит блоки внутри кристалла одному квартусу известно. Пытаюсь лоджик локом группировать куски схемы, которые должны работать быстро и судя по симуляции не успевают это делать - всё равно эффекта нет.
Итак - если кто сталкивался с такой проблемой - помогите советом. Как разрабатывать проекты в больших кристаллах, чтобы они не переставали работать после добавления пары регистров и перекомпиляции?

[des00]

а технология vqm файлов не поможет отцу русской демократии ? есть реальные примеры как время сборки кода для кулона 35/50 сокращалось в разы (20-30 минут -> 3-5 минут)
пишем скрипт, 1 раз собираем модули, отлаженные, в которые больше не полезем.
пишем еще скрипт на топ-левел и вуаля сборка быстро и комфортно.

Удачи !

ЗЫ. насчет тайминг аналайзера главное что бы он написал что в требуемое ограничение по клоку влезает.

ЗЗЫ. Если есть переходы из домена в домен, то не синхронизаторы корректно не обрабатываются. Нужно асинхронные пути (фальшивые пути задавать).