SDK из eVC++ поставляется вместе с eVC++ и устанавливается тоже вместе с ним. Вроде его можно скачать отдельно с сайта майкрософт (сам .msi файл), но линка под рукой нет.
Standart SDK for Windows CE - это компонент в Platform Builder, его можно добавить в свой образ, чтобы отлаживать прикладные программы в эмуляторе. Также эти программы будут работать на всех целевых устройствах, где в образах WinCE наличествует этот компонент.
Свой собственный SDK - это вроде расширения стандартного. Основное назначение - отладка на целевом устройстве. Но не факт, что программа, созданная с использованием этого SDK будет работать на устройстве со стандартным SDK.
Вот тут
http://www.msembedded.ru/forum/ShowPost.aspx?PostID=1914 немного раскрывается этот вопрос. И вообще, посмотрите этот сайт - он, похоже, единственный для WinCE с таким наполнением