WinAvr это сборка avr-gcc для Win. Взять можно на www.sourceforge.org по поиску этого пакета. Eclipce с сайта www.eclipce.org. У меня версия под Win в сборке с CDT (для разработки С/С++). В настройках C проект c makefile. Makefile я правил руками, хотя в поставке WinAvr есть утилита для правки. В сети есть книга на английском по Eclipce, хотя он заточен для программирования на java. Есть немецкий toolchain для avr-gcc, но мне он не понравился

Работаю в связки Eclipce+WinAvr более полугода.
Наука изощряет ум; ученье вострит память. Козьма Прутков