Тут по ходу дело в другом - например, INIT_B имеет свойство unassignable, вот его просто так точно нельзя использовать, поэтому при обработке файлов некоторые пины и отбрасываются.
Как вариант - ручками добавить сигнал и через опцию
Assign > Assign PCB signal назначить нужному пину.
Я не пробовал, но должно получиться.
Вот цитата -
Цитата
PCB signal assignments
I/O Designer supports PCB signal assignments. Special signals, for example ANALOG_GND, may be assigned to pins from the Unassignable page of the Pin List. Such signals are not presented in the Signal List. To assign a PCB signal to the pins selected on the Unassignable page, use the menu item Assign > Assign PCB signal. It opens a dialog, where you can enter the name of the PCB signal. The PCB signals information is used during symbol and schematic export.