Понял следующее: в IOdesigner есть HDL-сигналы и PCB-сигналы. Это не пересекающиеся классы. Ноги двойного назначения (которые по сути и HDL-сигналы и PCB-сигналы) выпадают из этой концепции.
В файле "DF2004_IOD2004_v3.2b_workbook_rus.pdf", который выложил fill

, на странице 24 есть заметка:
"Заметка. Цепи типа I/O можно назначить только в I/O & нельзя в выводы CONFIG"
Сдаётся мне что это фундаментальное ограничение IOdesigner. Хочется услышать коментарии filla, вдруг ошибаюсь