Если это еще актуально - то можете скачать программу VMLab отсюдо:
http://www.amctools.com/ , она бесплатная, в примерах для AVR есть программа формирования 3-х синусоид - именно то что вам нужно, вам остается только разбираться с частотой.
Частоту можно изменять добавляя не единицу к индексу таблицы, а 2, 5, т.о. можно увеличывать частоту/за счет качества синусоиды, а вот что именно добавлять (1, 2, 3 ... 5 и т.д.) можно читать из памятиЮ либо из портов ввода/вывода.
И совет на последок, если будете делать - берите такой контроллер у которого есть 3 канала сравнения. У ATMega88 как по-моему как-раз есть эти три канала, но надо посмотреть.