Спасибо за совет, попробовал avarice, но он сказал:
Код
JTAG config starting.
Found a device: JTAGICEmkII
Serial number: 00:b0:00:00:37:2d
Reported JTAG device ID: 0xFFFF
No configuration available for device ID: ffff
А в логах у него нашел:
Код
response: 81 FF FF FF FF
JTAG id = 0xFFFFFFFF : Ver = 0xf : Device = 0xffff : Manuf = 0x7ff
No configuration available for device ID: ffff
хотя должно быть что-то типа:
Код
response: 81 3F 20 80 49
JTAG id = 0x4960203F : Ver = 0x4 : Device = 0x9602 : Manuf = 0x1f
Looking for device: atmega64
Т.е. у меня avr-ка отзвыется как 0xFFFFFFFF (или вообще не отзывается). По идеи опять же fuse-биты, но в винде то пишется через Студию!

Пробовал насильно указать -P atmega64, оно соответственно пытается, но не выходит:
Код
Reported JTAG device ID: 0xFFFF
Configured for device ID: 0x9602 atmega64 -- FORCED with atmega64
JTAG config complete.
JTAG ICE: Cannot synchronise
Может попробовать какие обновления для моего программатора залить?