Могу только свой точно работающий код предложить. Писалось наспех, в нарущении всех правил, ну хоть работает и ладно.
Код
PWMPCR = (1 << 13);// PWM 5 enabled
PWMPR = 0;// pckl
PWMPC = 0;// pckl
PWMMR0 = 0x4000;
PWMMR5 = 0x3800;
PWMMCR = (1 << 1); // reset on pwmmr0
PWMTCR = (1 << 3) | (1 << 0);// PWM and counter enable
PWMLER = 0xFF;
Ну и PINSEL1 не забыть настроить на работу пина как PWM а не GPIO
Еще раз - не ругайте за дурной код, сам знаю :-)