Плохо учили матчасть! Нету в Меге никаких "внутренних часов" (асинхронный таймер пока опустим, тут не до него). Internal clock, -- это частота ядра, external clock, -- это сигнал заведенный снаружи, через соответствующую ногу. Можете на нее хоть 50Гц подать с трансформатора из розетки

, таймер будет "щелкать" с частотой сети. И не забываем про прескалер.