Прикладываю схему.
Микросхема SN74LVC541A
После включения МК и модуля начинает пропускает GSM_RX. Соответственно прекратиться все может только при полном пропадании VDD_EXT, но такого не случается, по причине наличия того же GSM_RX.
Вариант проверки команд от модуля не рассматривается, т.к. если полагаться на софт, то я и так могу перевести выходы и входы в третье состояние и не осложнять себе жизнь.
Про status, несколько раз наблюдал как при подпитке без питания лампочка просто горит. При неустойчивой работе модуля - вариант ненадежный.
Получается что единственный вариант развязки - это диоды... а они занимают очень уж много места.
Эскизы прикрепленных изображений