1 - Разводить ПЛИСы - милое дело: куда удобнее для разводки, туда и заводится сигнал, Плисе ведь все равно. Единственное что нужно сделать - правильно развести питание с землей и блокировочными конденсаторами. Примеры плат есть здесь на форуме например
http://electronix.ru/forum/index.php?showtopic=434252 - Разводится на раз.
3 - О том как подключать микруху к PCI подробно расписано в даташите.
4 - Для работы интерфейса PCI нужен только клок PCI. Остальное зависит от того, что там у вас будет еще (не сам же по себе PCI

)
5 - В комплекте с Квартусом идет PCI core. Правда она не сильно экономит ресурсы (бывают реализации и в 4 раза меньше занимающие) и интерфейс у нее оптимизирован для интеграции с Ниосом в SoPC, что не всегда удобно. Но начать можно и с нее. Правда нужно будет разбираться с Авалоновскими шинами, Ниосом, SoPC билдером и т. д. Но это наверно тоже в будущем пригодится. Вообще же PCI корок довольно много, можно выбирать. Наиболее подходящую для быстрого старта я боюсь порекомендовать не смогу, надеюсь помогут более продвинутые в этом вопросе форумчане.
6 - там эти 3,3В специально для этого сделаны.
7 - По питанию плис здесь есть весьма обширная тема, там все подробно обсуждалось. И для удобства эта тема закреплена в самом верху данного раздела. Так что я даже ссылку не дам