На некоторые вопросы могу ответить.
2) развести в 2 слоях не надо. развести может и разведете, но можете получить кучу проблем, лучше на этом не экономить, тем более экономия не большая.
4) в принципе, зависит от того, что у вас будет в ПЛИС и какие частоты вам понадобятся. но вообще-то в любом случае лучше поставить генератор. в этом случае можно будет включить плату без компа для тестирования и отладки.
5) лучше использовать готовое ядро. в принципе, ничего особо сложного в PCI нет, но писать свое довольно запаристо. тем более, если опыт работы у вас - институтские лабы. можно использовать альтеровское ядро, можно ядро от PLDA.
6) сложно сказать однозначно. в большинстве примеров, которые я видел, 3.3 получают из 5 вольт. почему, не совсем понимаю