Если вы разводите ETX модуль то для него жестко задается длина клока для базовой платы, поскольку внутри у него от генератора до чипсета уже есть заданная задержка.
По идее остальные сигналы PCI должны быть короче клока. Разводить сигналы желательно последовательно без больших разветвлений. Сигнал клок - только точка-точка 1 выход на 1 вход.
В файле написаны констрейны для PCI шины для модуля ETXexpress, в принципе они подойдут и для ETX модуля.