Цитата
вобщим на входе флешки стоят два диода один при привышении напряжения сливает его на 3.5 вольт
Никто ничего там не сливает у АТ45 все входы данных совместимы с 5в. Проблемы могут возникнуть только на выводе MISO, т.к. у 3в флешки выходной сигнал едва-едва попадает в допустимый по даташиту диапазон входных уровней для АтМега, вот на этот сигнал и нужно ставить преобразователь уровня(хотя некоторые тут и скажут что можно и без него обойтись) нужен 1 логический элемент из серии 74НС, такие бывают в корпусах сот23-5. Флешка может хоть как то мешать если у нее сигнал CS не управляется, а тупо на землю повешен.