2 files - в принципе вы можете воспользоваться an458 - типа метод загрузчика - там описаны загрузчики в них вы можете встроить свой кусок кода по заполнению срама своей начинкой до перехода к основной программе - с флеши например заранее зашитой можно скопировать..
В принципе не знаю как в Eclips`e для ниоса - не пробовал , а в WinAVR - можно использовать типа секции - располагать свой код раньше мейна. Посмотрите - что там, что там - GCC - должно быть что-то похожее на WinAVR-секции точно..