Вы разрешили подачу тактовой на UART?
Код
/* Enable the peripheral clock. */
AT91C_BASE_PMC->PMC_PCER = 1 << AT91C_ID_PIOA;
AT91C_BASE_PMC->PMC_PCER = 1 << AT91C_ID_PIOB;
AT91C_BASE_PMC->PMC_PCER = 1 << AT91C_ID_EMAC;
На портs A,B разрешили, даже на EMAC зачем то разрешили, а на UART я так и не нашёл такого же.