Если кому интересно, то разобрал проблему.
Всё дело было в ошибке в makefile. Был неправильный путь при линковке стартовой секции, где происходила остановка WDT после ресета. В итоге процессор стартовал с копирования данных в озу и очистки bss секции, пока происходила очистка, wdt успевал сработать ещё раз и так до бесконечности.
После того, как правильно собрал проект, проблема исчезла.