1 Не понял вечером схему посмотрю.
2 Bypass - команда поддерживаемая любым устройством с интерфейсом JTAG, которая шунтирует сдвиговый регистр данных. Если Вас смущает надпись BYPASS в импакт, не обращайте внимания, аппаратно ничего с цепью JTAG мудрить не надо.
3 Опять же не помню схему, вечером уточню. Но думаю это просто согласующие резюки.
4 Потребление зависит от содержимого и рабочих частот (так же и от емкостной нагрузке на кождом из внешних пинов

), прикинуть можно в самой ISE.
1. А чем они по вашему шунтируют VCCAUX, они же токоограничивающие? Сльно повышать номинал (хотя не вижу в этом смысла) не стоит, т.к. увеличится постоянная времени цепи R*Cпаразитная
3 Это согласующие резисторы