Самый надежный и правельный, это внешний контроллер подключенный к СОМ порту он меряет а данные передает на компорт. В любом другом случае точно не померяеш, не умеет PC точно интервалы выдерживать

, развечто на уровне какихто хотрых драйверов, если без внешних девайсов и частота до 20 Кгц то можно заюзать саунд бластер, но тут пахнет ЦОС. Мой совет поставить какойнибуть процик типа AT90S2313, и частоту можно будет мерять до 1 мега точно, а то и более, но прогаа приэтом усложняется.