Посмотрите WinAVR -
http://sourceforge.net/projects/winavr/GNUшный компилятор с либами, бинутилсами, множеством полезных программ и прекрасной документацией. Все в одном дистрибутиве. Для прошивания пользуюсь ALT*ERA BY*TE BLA*STER и avreal32(с него начинал), хотя в WinAVR входят прошивальшики, которые даже покруче avreal, поддерживают больше возможностей по конфигурированию самой прошивалки(например назначение сигналов на любой бит на LPT). Можно использовать JTAG, но если Вы планируете полноценно работать со всеми каналами АЦП про JTAG можно забыть - он на порте F, АЦП там же. Главное осторожнее с fuse, можно сильно "навредить"(не пугаю!!! просто будте внимательнее!!!).
В комплект входит универсальный makefile - самое сложное, по моему мнению, для новичка. Думаю разберетесь с ним без проблем, там все хорошо коментировано.
Знания GNUшных средств разработки возможно Вам понадобится на пути дальнейшего роста и переходе на архитектуру ARM