2 Men - посмотрите на сайте альтеры демки - как собрать систему - там вроде всё ясно и понятно объяснено.
А касательно
Цитата
подключать спец функции
-> есть SoPC Builder и в нём есть компонент RS323 в серийных устройствах. Он добавляется к системе и потом в NIOSII IDE - можно printf например всякие юзать...