Нет, не сработает: в PIOA_ISR будут установлены биты для тех ног, на которых просто было изменение уровня, не важно, 0->1 или 1->0.
Если нужно ловить только переход 0->1, то можно сделать так:
Код
a = AT91C_BASE_SYS->PIOA_ISR & AT91C_BASE_SYS->PIOA_PDSR;